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0) { obj.className = "imgborder_on"; } } } function hideImage(obj) { if (obj.className.substr(0, 10) == "imgborder_") { obj.src = eyeglass.src; obj.className = "imgborder_off"; } } function showAllImages() { imgs = document.images; for (i=0; i < imgs.length; i++) { showImage(imgs[i]); } } function hideAllImages() { imgs = document.images; for (i=0; i < imgs.length; i++) { hideImage(imgs[i]); } } //-->

Oracle Database 11gのDICOM形式データの管理

目的

このチュートリアルでは、Oracle Multimediaを使用して、Oracle Database上で医用画像データをアップロード、保存、操作、およびエクスポートする方法について説明します。

所要時間

約30分

トピック

このチュートリアルでは、以下のトピックについて説明します。

	概要
	前提条件
	インポートおよびエクスポート用のディレクトリ・オブジェクトの作成
	ORDDicom列を含む表の作成
	医用画像のインポート
	オブジェクト属性の取得
	DICOMメタデータの取得
	サムネイルの作成と形式の変更
	DICOMオブジェクトの匿名コピーの作成
	DICOMオブジェクトの適合性の確認
	イメージのエクスポート
	クリーンアップ
	まとめ

スクリーンショットの表示

このアイコンの上にカーソルを置くと、すべてのスクリーンショットがロードし、表示されます。（警告：すべてのスクリーンショットが同時にロードされるため、ご使用のインターネット接続によってはレスポンス・タイムが遅くなる場合があります。）

注：各手順に関連したスクリーンショットのみを表示する場合は、それぞれの手順にあるアイコンの上にカーソルを置いてください。スクリーンショットをクリックすると、非表示になります。

概要

Oracle Multimedia DICOMを利用すると、DICOM形式の医用画像やその他の企業情報と統合されたオブジェクトを、Oracle Databaseで保存、管理、および取得することができます。 Oracle Multimedia DICOMにより、Oracle Databaseの信頼性、可用性、およびデータ管理機能が、医療アプリケーションのメディア・オブジェクトにまで適用されます。

Oracle Multimedia DICOMは、医用画像の標準形式であるDigital Imaging and Communications in Medicine（DICOM）をサポートします。

このチュートリアルでは、Oracle Multimediaを使用して、データベース上で医用画像データをアップロード、保存、操作、およびエクスポートする簡単なPL/SQLの例を示します。

Oracle Multimediaでは、 ORDDicom タイプの列を使用して、DICOM形式のデータをデータベースに保存します。次の図に、データベース表における ORDDicom オブジェクトの例を示します。

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前提条件

このチュートリアルを始める前に、次の手順を完了してください。

1.	Oracle Database 11g Release 1とOracle Multimediaのインストール。
2.	Oracle Database 11g Release 1 Examplesのインストール。
3.	dicom.zip ファイルの作業ディレクトリへのダウンロードおよび解凍。

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インポートおよびエクスポート用のディレクトリ・オブジェクトの作成

不要なデータベース接続を避けるため、ディレクトリ・オブジェクトを作成してインポートとエクスポートに必要な権限を付与します。以下の手順を実行します。

PMユーザーのロックが解除されており、 create any directory権限を持つことを確認します。 SQL*Plusセッションを開いて、次のコマンドを実行します。

                                         
                                           
sqlplus sys/<syspassword>@<sid> as sysdba
alter user PM identified by PM account unlock;
grant create any directory to PM;

次に、 PMユーザーとしてディレクトリ・オブジェクトを作成します。 SQL*Plusセッションから、次のコマンドを実行します。

                                         
connect PM/PM@<Sid>
create or replace directory IMAGEDIR as '<file_directory>';

<file_directory>は、このチュートリアルに必要なすべてのスクリプトとファイルがある場所です。たとえば、 /home/oracle/dicomのようになります。注：このディレクトリが存在しない場合は、作成する必要があります。

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ORDDicom列を含む表の作成

ここでは、整数識別子（id）、ORDSYS.ORDDicomオブジェクト（dicom）、ORDSYS.ORDImageオブジェクト（imageThumb）、およびもう1つのORDSYS.ORDDicomオブジェクト（anonDicom）という4つの列を含むシンプルな表を使用します。 Oracleが提供するすべてのマルチメディア・オブジェクトとプロシージャは、ORDSYSスキーマ内に定義されています。以下の手順を実行します。

SQL*Plusセッションから、次のコマンドを実行します。

                                         
                                           
                                             
@create_dicom_table

create_dicom_table.sqlコードの内容は、次のとおりです。

set echo on;
                                        


drop table medical_image_table;
                                        


create table medical_image_table
                                        


             (id          integer primary key,
                                        


              dicom       ordsys.orddicom,
                                        


              imageThumb  ordsys.ordimage,
                                        


              anonDicom   ordsys.orddicom);

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医用画像のインポート

ここでは、医用画像をデータベース・ファイル・システムから新たに作成した表（ medical_image_table）にロードする方法について説明します。ほとんどの場合、次の例で示すORDDicomインポートではなく、SQL*Loaderを使用してデータをロードします。

PL/SQLプロシージャ image_import()を作成します。このプロシージャは、 medical_image_tableに新規行を挿入し、新たに作成したORDDICOMオブジェクトに、指定したファイル名のDICOMデータをインポートします。次に、デフォルト・マッピング・ドキュメントに基づいたメタデータ属性とORDDICOMオブジェクトのUID属性に、DICOM属性を抽出します。デフォルト・マッピング・ドキュメント ordcmmp.xmlは、インストール時にロードされます。カスタマイズ･マッピング・ドキュメントを作成して、属性を別のXMLドキュメントに抽出することができますが、このチュートリアルの範囲外であるため、ここでは扱いません。

以下の手順を実行します。

SQL*Plusセッションから、次のコマンドを実行します。

                                         
                                           
                                             
@create_import_procedure

create_import_procedure.sqlコードの内容は、次のとおりです。

-- Set Data Model Repository
                                        


execute ordsys.ord_dicom.setDataModel();
                                        


create or replace procedure image_import(dest_id number, filename varchar2) is
                                        


  dcm ordsys.orddicom;
                                        


begin
                                        


   delete from medical_image_table where id = dest_id;
                                        


   insert into medical_image_table (id, dicom, imageThumb, anonDicom)
                                        


   values (dest_id, ordsys.orddicom(‘file’, ‘IMAGEDIR’, filename, 0),
                                        


           ordsys.ordimage.init(), ordsys.orddicom())
                                        


   returning dicom into dcm;
                                        


   dcm.import(1);
                                        


   update medical_image_table set dicom=dcm where id=dest_id;
   commit;
                                        


end;
                                        


/
show errors;

新たに作成したプロシージャを実行し、サンプルのDICOMファイルをインポートします。 SQL*Plusセッションから、次のコマンドを実行します。

                                         
                                           
                                             
execute image_import(1,'179.dcm')
                                          
                                          
;

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オブジェクト属性の取得

前項でインポート・メソッドを呼び出した際、パラメータとして1を渡しました。これは、インポート時に setPropertiesメソッドを呼び出すことを意味します。 setPropertiesは、DICOMデータを解析し、DICOMメタデータをORDDicomオブジェクト属性に抽出するようOracle Multimediaに指示するメソッドです。次の例で検索対象とする属性（ SOP_INSTANCE_UID、 SOP_CLASS_UID、その他）など、頻繁にアクセスされる属性は特定のORDDicomオブジェクト属性に格納されています。また、DICOMバイナリ・データに含まれるすべてのDICOMメタデータは、デフォルトのメタデータ・マッピング・ドキュメントに従うXMLドキュメントに抽出されます。結果のXMLメタデータ・ドキュメントは、ORDDicomメタデータ属性に格納され、索引付けや問合せで使用できます。

	SOP_INSTANCE_UIDの取得
	SOP_CLASS_UIDの取得
	STUDY_INSTANCE_UIDの取得
	SERIES_INSTANCE_UIDの取得
	コンテンツ長（DICOMコンテンツのバイト数）の取得

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SOP_INSTANCE_UIDの取得

この問合せでは、ORDDicomオブジェクト属性からService-Object Pair Instance UIDを取得します。このデータは、 setPropertiesメソッドの呼び出し時にDICOMバイナリ・データから抽出されています。SQL*Plusセッションから次のスクリプトを実行します。

                                         
                                           
                                             
@sop_instance_uid

sop_instance_uid.sqlコードの内容は、次のとおりです。

select id,
                                        


       t.dicom.getSOPInstanceUID() as SOP_Instance_UID
                                        


from medical_image_table t;

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SOP_CLASS_UIDの取得

この問合せでは、ORDDicomオブジェクト属性からService-Object Pair Class UIDを取得します。このデータは、 setPropertiesメソッドの呼び出し時にDICOMバイナリ・データから抽出されています。 SQL*Plusセッションから次のスクリプトを実行します。

                                         
                                           
                                             
@sop_class_uid

sop_class_uid.sqlコードの内容は、次のとおりです。

select id,
                                        


       t.dicom.getSOPClassUID() as SOP_Class_UID
                                        


from medical_image_table t;

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STUDY_INSTANCE_UIDの取得

この問合せでは、ORDDicomオブジェクト属性からStudy Instance UIDを取得します。このデータは、 setPropertiesメソッドの呼び出し時にDICOMバイナリ・データから抽出されています。 SQL*Plusセッションから次のスクリプトを実行します。

                                         
                                           
                                             
@study_instance_uid

study_instance_uid.sqlコードの内容は、次のとおりです。

select id,
                                        


       t.dicom.getStudyInstanceUID() as Study_Instance_UID
                                        


from medical_image_table t;

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SERIES_INSTANCE_UIDの取得

この問合せでは、ORDDicomオブジェクト属性からSeries Instance UIDを取得します。このデータは、 setPropertiesメソッドの呼び出し時にDICOMバイナリ・データから抽出されています。 SQL*Plusセッションから次のスクリプトを実行します。

                                         
                                           
                                             
@series_instance_uid

series_instance_uid.sqlコードの内容は、次のとおりです。

select id,
                                        


       t.dicom.getSeriesInstanceUID() as Series_Instance_UID
                                        


from medical_image_table t;

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コンテンツ長（DICOMコンテンツのバイト数）の取得

この問合せでは、ソース属性に格納されているDICOMバイナリ･データの長さを取得します。 SQL*Plusセッションから次のスクリプトを実行します。

                                         
                                           
                                             
@content_length

content_length.sqlコードの内容は、次のとおりです。

select id,
                                        


       t.dicom.getcontentlength() as content_Length
                                        


from medical_image_table t;

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DICOMメタデータの取得

インポート中に setPropertiesメソッドが呼び出される際、DICOMイメージに埋め込まれていた多数のDICOM標準属性がXMLドキュメントに抽出されます。これらの属性には、Patient Name、Patient ID、およびModalityが含まれます。以下の手順を実行します。

この問合せでは、抽出されたXMLメタデータ・ドキュメントから情報を抽出する方法を示します。 SQL*Plusセッションから次のスクリプトを実行します。

                                         
                                           
                                             
@patient_info

patient_info.sqlコードの内容は、次のとおりです。

select id,
                                        


        extractValue(t.dicom.metadata,
                                        


        '/DICOM_OBJECT/*[@name="Patient''s Name"]/VALUE',
                                        


        'xmlns=http://xmlns.oracle.com/ord/dicom/metadata_1_0') as "PATIENT_NAME",
                                        


        extractValue(t.dicom.metadata,
                                        


        '/DICOM_OBJECT/*[@name="Patient ID"]',
                                        


        'xmlns=http://xmlns.oracle.com/ord/dicom/metadata_1_0') as "PATIENT_ID",
                                        


        extractValue(t.dicom.metadata,
                                        


        '/DICOM_OBJECT/*[@name="Modality"]',
                                        


        'xmlns=http://xmlns.oracle.com/ord/dicom/metadata_1_0') as "MODALITY"
                                        


from medical_image_table t;

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サムネイルの作成と形式の変更

ここでは、データベースから起動できるいくつかのイメージ処理操作について説明します。 JPEGサムネイル・イメージをDICOMイメージから作成するには、新しいORDImageオブジェクトをORDDicomオブジェクトから生成して処理します。実行するには、新規ORDImageオブジェクトのプロパティを指定する必要があります。たとえば、次の指定では75×100ピクセルのJPEGサムネイル・イメージが生成されます。 ‘ fileformat=jfif fixedscale=75 100’.

次の例で定義する generate_thumb()は、 medical_image_table表の imageThumb列に識別子 source_idを移入し、ソース行のORDDicomに processCopyを実行してORDImageを生成します。

以下の手順を実行します。

generate_thumbプロシージャを作成するには、SQL*Plusセッションから次のスクリプトを実行します。

                                         
                                           
                                             
@create_thumbnail_procedure

create_thumbnail_procedure.sqlコードの内容は、次のとおりです。

-- Set Data Model Repository
                                        


execute ordsys.ord_dicom.setDataModel();
                                        


create or replace procedure generate_thumb(source_id number, verb varchar2) is
                                        


    dcmSrc    ordsys.orddicom;
                                        


    imgDst    ordsys.ordimage;
                                        


begin
                                        


  select dicom, imageThumb into dcmSrc, imgDst from medical_image_table
                                        


         where id = source_id for update;
                                        


  dcmSrc.processCopy(verb, imgDst);
                                        


  update medical_image_table set imageThumb = imgDst where id = source_id;
  commit;
                                        


end;
                                        


/
show errors;

SQL*Plusセッションから次のスクリプトを実行します。

                                         
                                           
                                             
@create_thumbnail_image

create_thumbnail_image.sqlコードの内容は、次のとおりです。

-- Create a JPEG thumbnail image for our test DICOM
                                        


execute generate_thumb(1, 'fileformat=jfif fixedscale=75 100');

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DICOMオブジェクトの匿名コピーの作成

ここでは、DICOMオブジェクトを匿名にすることによって患者のプライバシを保護する方法を示します。 DICOMオブジェクトを匿名にするには、新しいDICOMオブジェクトを作成して、新しいDICOMバイナリ・データおよび関連するORDDicomオブジェクト・メタデータに含まれるユーザー特定可能なDICOM属性を削除または上書きします。 XML匿名定義ドキュメントに、削除または置換すべきDICOMオブジェクトと、各属性を匿名にするために必要なアクションが指定されています。デフォルトの匿名定義ドキュメント ordcman.xmlは、インストール時にロードされます。匿名定義ドキュメントのカスタマイズは、このチュートリアルの範囲外であるため、ここでは扱いません。ここでは、デフォルトの匿名定義ドキュメントを使用します。

次の例で定義する generate_anon()は、 medical_image_table表の anonDicom列に識別子 source_idを移入し、ソース行のDICOMに makeAnonymous()を起動してORDDicomを生成します。

以下の手順を実行します。

generate_anonプロシージャを作成するには、SQL*Plusセッションから次のスクリプトを実行します。

                                         
                                           
                                             
@create_anonimage_proc

create_anonimage_proc.sqlコードの内容は、次のとおりです。

-- Set Data Model Repository
                                        


execute ordsys.ord_dicom.setDataModel();
                                        


create or replace procedure generate_anon(source_id number) is
                                        


    dcmSrc    ordsys.orddicom;
                                        


    anonDst   ordsys.orddicom;
                                        


    dest_sop_inst_uid varchar2(128) := '1.2.3';
                                        


begin
                                        


  select dicom, anonDicom into dcmSrc, anonDst from medical_image_table
                                        


         where id = source_id for update;
                                        


  dcmSrc.makeAnonymous(dest_sop_inst_uid, anonDst);
                                        


  update medical_image_table set anonDicom = anonDst where id = source_id;
                                        


  commit;
                                        


end;
                                        


/
                                        


show errors;

generate_anonプロシージャにおいて、dest_sop_instance_uid変数の一時UIDをグローバルに一意のUIDで置き換えてください。 UIDを置き換えない場合もプロシージャは実行されますが、結果の匿名DICOMイメージは破棄しなければならないことに注意してください。

テストの対象となるDICOMの匿名コピーを生成します。 SQL*Plusセッションから次のコマンドを実行します。

                                         
                                           
                                             
execute generate_anon(1);

次に、結果を確認します。 SQL*Plusセッションから次のスクリプトを実行します。

                                         
                                           
                                             
@select_anonimage

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DICOMオブジェクトの適合性の確認

このトピックのサンプル・コードでは、ユーザーが定義した一連の適合性ルールに対して、DICOMデータの適合性を確認する方法を示します。適合性ルールは、1つ以上の制約定義ドキュメントに記述されます。これらのXMLドキュメントでは、DICOMメタデータ・スキーマで表現できない属性関係やセマンティック制約が指定されます。デフォルトの制約定義ドキュメント ordcmct.xmlは、インストール時にロードされます。制約定義ドキュメントのカスタマイズはこのチュートリアルの範囲外であるため、ここでは扱いません。ここでは、デフォルトの制約定義ドキュメントを使用します。

次の例では、ソース行のDICOMに対して ConformanceValid()を起動することにより、識別子 source_idを持つ medical_image_table表のDICOM列の適合性を確認します。

以下の手順に従います。

DICOMイメージが制約ルールに適合するかどうかを確認します。 SQL*Plusセッションから次のスクリプトを実行します。

                                         
                                           
                                             
@check_object_conform

check_object_conform.sqlコードの内容は、次のとおりです。

-- Set Data Model Repository
                                        


execute ordsys.ord_dicom.setDataModel();
                                        


select id, t.dicom.isconformanceValid('OracleOrdObject') as conformant
                                        


from medical_image_table t;

DICOMイメージが制約定義に適合しない場合、表にメッセージが挿入されます。この表は、 ORDDCM_CONFORMANCE_VLD_MSGSビューに問合せを行うと参照できます。このビューは、制約の検証中に生成された制約メッセージを表示します。 SQL*Plusセッションから次のスクリプトを実行します。

                                         
                                           
                                             
@review_conform_msgs

review_conform_msgs.sqlコードの内容は、次のとおりです。

describe orddcm_conformance_vld_msgs;
                                        


select * from orddcm_conformance_vld_msgs;

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イメージのエクスポート

ここでは、DICOMデータをデータベースからデータベース・サーバー上のファイル・システムにエクスポートする方法を示します。 Oracle Multimediaのエクスポート・メソッドを使用して、データベースからDICOMデータをエクスポートするには、データベースからデータベース・サーバーのファイル・システムへ書込みが行える必要があります。ファイル・システムへの書込みを行うには、出力DICOMファイルの書込み先となるディレクトリ・オブジェクトの書込み権限をユーザー（PMユーザー）に付与する必要があります。以下の手順を実行します。

IMAGEDIRディレクトリのファイルにDICOMデータをエクスポートするプロシージャを作成します。 SQL*Plusセッションから次のスクリプトを実行します。

                                         
                                           
                                             
@create_export_proc

create_export_proc.sqlコードの内容は、次のとおりです。

create or replace procedure dicom_export (source_id number, filename varchar2) as
                                        


  dcmSrc ordsys.orddicom;
                                        


begin
                                        


  select dicom into dcmSrc from medical_image_table where id = source_id;
                                        


  dcmSrc.export('FILE', 'IMAGEDIR', filename);
                                        


end;
                                        


/
                                        


show errors;

次に、このプロシージャを実行します。 SQL*Plusセッションから次のコマンドを実行します。

                                         
                                           
                                             
execute dicom_export(1, 'dicom_orig.dcm');

作成されたファイルを確認するには、別の端末ウィンドウを開いて、 IMAGEDIRディレクトリから次のコマンドを実行します。

                                         
                                           
                                             
ls -al dicom_orig.dcm

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クリーンアップ

環境をクリーンアップするには、以下の手順に従います。

1.	SQLPlusセッションから PMユーザーとして次のスクリプトを実行します。 @cleanup01* cleanup01.sqlコードの内容は、次のとおりです。 drop procedure image_import; drop procedure generate_thumb; drop procedure generate_anon; drop procedure dicom_export; drop table medical_image_table;
2.	SYS ユーザーとしてSQL*Plusにログインします。 sqlplus sys/<syspassword>@<Sid> as sysdba
3.	SQLPlusセッションから、 SYS* ユーザーとして次のスクリプトを実行します。 @cleanup02 cleanup02.sqlコードの内容は、次のとおりです。 drop directory imagedir; revoke create any directory from PM;
4.	次のコマンドを実行して、SQLPlusセッションを終了します。 exit*
5.	SQLPlusセッションで作業ディレクトリに移動し、 imagedirに作成されたエクスポート・ファイル dicom_orig.dcmを削除します。 rm dicom_orig.dcm* プロンプトが表示されたら、削除を確定してください。

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まとめ

このチュートリアルで学習した内容は、次のとおりです。

	インポートおよびエクスポート用のディレクトリ・オブジェクトの作成
	ORDDicom列を含む表の作成
	医用画像のインポート
	DICOM属性の選択と表示
	サムネイルの作成と形式の変更
	DICOMオブジェクトの匿名コピーの作成
	DICOMオブジェクトの適合性の確認
	イメージのエクスポート

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Copyright (c) Oracle Corporation 2007All Rights ReservedOracle Corporation発行の「Managing DICOM Format Data in Oracle Database 11g」の翻訳版です。

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